Mustafa Koç´un cenazesi törene beyaz bir cenaze arabasıyla getirildi. Tören sonrasında Koç´un cenazesi Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Tatbikat Camisi´ne götürüldü. Koç´un tabutunun üzerine Sadberk Hanım Müzesi´nden getirilen ve daha önce de Vehbi Koç´un cenazesinde de kullanılan Osmanlı sancağı örtüldü. Osmanlı sancağında şunlar yazıyor:
"Lâ ilâhe İllallâhu el-Melikü´l-hakku´l-mubîn Muhammedun resûlullâh sadiku´l-va´di´l-emîn - Hak ve gerçek olan kainatın sahibi Allah´tan başka ilah yoktur. Güvenilir ve sözünde sadık Muhammed, onun elçisidir."
Törenin düzenleneceği caminin çevresinde polis geniş güvenlik önlemi aldı ve bazı yollar trafiğe kapatılırken camiye girişler polis ekiplerinin araması ve x-ray cihazından geçişle sağlandı. Musalla taşına getirilen naaşın başında yerel kıyafetleriyle Ankaralı efeler nöbet tutttu.
Cenazeye iş, siyaset,spor ve sanat dünyasından isimlerin yanı sıra Koç Holding kuruluşlarında çalışan işçiler ve halk da katıldı
Törene Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan, Başbakan Ahmet Davutoğlu ile CHP Genel Başkanı Kemal Kılıçdaroğlu´nun yanısıra Cenazeye çok büyük bir kalabalık katıldı
Daha sonra öğle namazının ardından Mustafa Koç için cenaze namazı kılındı. Cenaze namazını İstanbul Müftüsü Prof. Dr. Rahmi Yaran kıldırdı.
Daha sonra Mustafa Koç´un cenazesi Zincirlikuyu´daki aile mezarlığında dedesi Vehbi Koç ile halası Sevgi Gönül´ün yanına defnedildi. Aile kabristanında ayrıca, Sadberk Koç, Erdoğan Gönül, Nusret Arsel´in de mezarları bulunuyor.
