Cumhurbaşkanlığı Hükûmet Sistemi´nin en kapsamlı uyum çalışması olarak görülen kamu yönetiminin yeniden yapılandırılması ve "bürokratik oligarşi"ye son verilmesi konusunda AK Parti´de mutfak çalışması başladı. Buna göre, Cumhurbaşkanlığı Hükûmet Sistemi´ne geçilmesi ile birlikte, kamu yönetimi başta olmak üzere, devletin yeni yapısı ile ilgili tüm hazırlıklar 2019 seçimlerinden önce bitirilecek. Seçimlerin hemen ardından da yeni sisteme uyum büyük oranda Cumhurbaşkanlığı kararnameleri ile yapılacak. Parlamenter sisteme göre dizayn edilen bakanlık teşkilatlanmalarının tamamı, Cumhurbaşkanlığı Hükûmet Sistemi´ne uyumlu hâle getirilecek. Bunun için önce, mevcut teşkilat yasaları yürürlükten kaldırılacak, hemen ardından kararnamelerle yeni yapı kurulacak. Cumhurbaşkanı Erdoğan´ın sık sık dikkat çektiği ?bürokratik oligarşi´ ve ?obez devlet´ yapılanmasına son verilmesi için, yapılan hazırlıklarda ?Müsteşarlık´ statüsü ile birlikte, ?Genel Müdürlük, Daire Başkanlığı, Şube Müdürlüğü´ ve bu statülerin ?yardımcılarına´ yönelik tüm kadroların kaldırılması tartışılıyor. Cumhurbaşkanlığı ve AK Parti kaynakları, özellikle devlet yönetimindeki ?Yardımcı´ statüsünün kaldırılması ile her bakanlıkta 50´nin üzerinde kadronun boşaltılacağını dile getiriyor. Kaynaklar, yeni yapının ?bürokratik oligarşiye izin vermeden, bürokratik devlet aklını korumaya´ yönelik olacağını belirtiyor.
Kamu yönetiminde bürokrasinin en tepesindeki yapı olan Başbakanlık Müsteşarlığının kaldırılması ile Cumhurbaşkanlığı Hükûmet Sistemi´nde bu görevin, Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreterliği veya Cumhurbaşkanı yardımcılarından biri aracılığı ile yürütülmesi planlanıyor. Ancak, ikinci bir formül olarak 3 cumhurbaşkanı yardımcısının ?savunma-güvenlik´, ?Kamu yönetimi´ ve ?Ekonomi´ alanlarında en üst bürokrat olarak görevlendirilmeleri de tartışılıyor. Bakanlıklardaki müsteşarlar, yardımcıları, genel müdürler ve daire başkanlarının yürüttüğü görevlerin ise sayısı en fazla üçü bulacak bakan yardımcıları aracılığıyla yapılabileceği değerlendiriliyor. AK Parti kaynakları, ABD´de bakan yardımcılarının da buna benzer bir yapıda olduğunu belirterek, bütün seçeneklerin değerlendirildiğini dile getirdi. Cumhurbaşkanı Erdoğan da, bir süre önce devlet yönetimindeki hantallığa dikkat çekmiş ve "Bizim devletimiz elbette büyük, güçlü olacaktır ama hantallığın kaynak ve zaman israfının daha pek çok hastalığın sebebi olan obezlikten devletimizi kurtarmamızın şart olduğu da bir gerçektir" demişti.
